操作气相色谱仪如何选用不同气体纯度的气源做载气和辅助气体，我们建议在满足分析要求的前提下，尽可能选用纯度较高的气体。这样不但会提高（保持）气相色谱仪的高灵敏度，而且会延长色谱柱，整台气相色谱仪（气路控制部件，气体过滤器）的寿命。然而当发现载气纯度不够时，除了更换为更高纯度的气体外，还可以从以下方面来解决：
①分析对象：尽量避免用气相色谱仪分析在高温下容易发生氧化、还原、水解的化合物成分，避免样品组分失真甚至消失而影响结果分析；
②仪器系统：气相色谱仪装机前，载气和辅助气管路要清洗干净，并且气体一定要安装过滤净化装置，吸附气体中残存的干扰成分，同时注意过滤净化装置是否失效，并避免气路调节阀受到污染而使调节精度降低，气路污染影响气相色谱仪的灵敏度、损害仪器等；
③色谱柱：为了避免载气中杂质的影响，可在分析柱前，连接上一段1m左右的同类型色谱柱，作为保护柱，一段时间后，更换前端保护柱就可以，避免气相色谱仪分析柱寿命缩短；或者运行一段时间后，将分析柱截掉1m左右，去除性能降低的部分色谱柱。
实际操作时，要根据气相色谱仪检测器的噪声水平判断气体的纯度。如对ECD，载气不纯、杂质多如含氧量高，会导致气相色谱仪检测器明显噪声大、灵敏度降低、线性范围变窄，甚至基线显著飘移、出现倒峰等。
